Como baixar dados do genoma bacteriano do NCBI
Genomas bacterianos são conjuntos completos de informações genéticas de bactérias. Eles contêm as instruções de como as bactérias se parecem e funcionam, tanto externa quanto internamente. Os genomas bacterianos são codificados em moléculas de DNA organizadas em genes, que são unidades de informação biológica. Estudar genomas bacterianos pode nos ajudar a entender a diversidade, evolução, ecologia e patogenicidade das bactérias.
Uma das melhores fontes de dados do genoma bacteriano é o National Center for Biotechnology Information (NCBI), que faz parte da U.S. National Library of Medicine. O NCBI fornece acesso a uma riqueza de informações biológicas, incluindo sequências de genomas, anotações, alinhamentos, filogenias e muito mais. O NCBI também fornece ferramentas e serviços para pesquisar, analisar e baixar dados biológicos.
download bacterial genome
O download de dados do genoma bacteriano do NCBI pode trazer muitos benefícios para pesquisadores, educadores, estudantes e entusiastas. Você pode usar os dados baixados para análise off-line, comparação, visualização, educação ou interesse pessoal. Você também pode usar os dados baixados para criar seus próprios bancos de dados, pipelines, fluxos de trabalho ou aplicativos.
Como encontrar dados do genoma bacteriano no NCBI
Existem várias maneiras de encontrar dados do genoma bacteriano no NCBI. Aqui estão alguns dos métodos mais comuns e convenientes:
Como usar o banco de dados Genoma para pesquisar genomas bacterianos por nome de organismo, taxonomia, nível de montagem, etc.
O banco de dados Genoma é uma coleção de montagens de genomas completos e parciais de vários organismos. Você pode usá-lo para pesquisar genomas bacterianos por vários critérios, como nome do organismo, taxonomia, nível de montagem, bioprojeto, bioamostra, etc. Você também pode filtrar os resultados por grupo de organismos, status de montagem, categoria refseq, etc.
Para usar o banco de dados Genoma para pesquisar genomas bacterianos:
Acesse [14](
Digite sua consulta na caixa de pesquisa ou use a opção de pesquisa avançada.
Selecione "Bactérias" na faceta "Grupo de organismos" na barra lateral esquerda.
Selecione os filtros desejados nas outras facetas na barra lateral esquerda.
Clique no botão "Download Assemblies" para abrir o menu de download.
Selecione seu tipo de arquivo preferido (genomic fasta, genomic gbff, feature table) e banco de dados de origem (GenBank ou RefSeq).
Clique no botão "Download" para baixar um único arquivo contendo todos os conjuntos selecionados ou clique no link "Baixar arquivos individuais" para baixar cada conjunto separadamente.
Como usar o site FTP para navegar e baixar genomas bacterianos por estrutura de diretório, formato de arquivo, etc.
O site FTP é um servidor de protocolo de transferência de arquivos que permite aos usuários baixar grandes conjuntos de dados do NCBI. Você pode usá-lo para navegar e baixar genomas bacterianos por estrutura de diretório, formato de arquivo, etc. Você também pode usar o site FTP para baixar conjuntos de dados pré-computados, como bancos de dados BLAST, relatórios de anotação, clusters de proteínas, etc.
Para usar o site FTP para navegar e baixar genomas bacterianos:
Acesse [13](
Navegue até o diretório "Bacteria" ou "Bacteria_DRAFT", dependendo se você deseja montagens completas ou rascunhadas.
Escolha um subdiretório com base na primeira letra do nome do gênero da bactéria em que você está interessado.
Escolha um subdiretório com base no nome completo da bactéria em que você está interessado.
Escolha um subdiretório com base no acesso de montagem ou nome da bactéria em que você está interessado.
Baixe os arquivos que você precisa, como fasta, gff, gbk, fna, faa, etc.
Como usar a ferramenta ncbi-genoma-download para baixar genomas bacterianos por taxídeos, grupos, nível de montagem, etc.
A ferramenta ncbi-genome-download é um programa de linha de comando que permite aos usuários baixar dados do genoma do NCBI.Você pode usá-lo para baixar genomas bacterianos por identificadores taxonômicos (taxídeos), grupos (como todas as bactérias ou todos os archaea), nível de montagem (como completo ou contig), etc. Você também pode especificar o formato do arquivo (como fasta ou genbank) e o diretório de saída.
Para usar a ferramenta ncbi-genome-download para baixar genomas bacterianos:
Instale a ferramenta seguindo as instruções em [12](
Abra uma janela de terminal e digite o comando "ncbi-genome-download" seguido das opções e argumentos desejados.
Por exemplo, para baixar todos os genomas bacterianos completos no formato fasta para um diretório chamado "bactérias", você pode digitar: ncbi-genoma-download --formato fasta --conjunto de nível completo --pasta de saída bactérias bactérias
Para ver a lista completa de opções e argumentos, você pode digitar: ncbi-genoma-download --help
Como analisar dados do genoma bacteriano do NCBI
Depois de baixar os dados do genoma bacteriano do NCBI, você pode usar várias ferramentas e métodos para analisá-los. Aqui estão algumas das formas mais comuns e úteis para analisar os dados do genoma bacteriano do NCBI:
Como usar o BLAST para comparar genomas bacterianos e encontrar sequências homólogas
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) é uma ferramenta que permite aos usuários comparar sequências e encontrar regiões de similaridade. Você pode usá-lo para comparar genomas bacterianos e encontrar sequências homólogas, como genes, proteínas ou motivos. Você também pode usá-lo para identificar ortólogos, parálogos ou eventos de transferência horizontal de genes.
Para usar o BLAST para comparar genomas bacterianos e encontrar sequências homólogas:
Acesse [11](
Selecione o tipo de BLAST que deseja realizar, como BLAST de nucleotídeo (blastn) ou BLAST de proteína (blastp).
Digite sua sequência de consulta na caixa "Enter Query Sequence" ou carregue um arquivo contendo sua sequência de consulta.
Selecione o banco de dados que deseja pesquisar, como "RefSeq Genomes (bacteria)" ou "RefSeq Representative Genomes (bacteria)".
Ajuste os parâmetros e filtros conforme necessário.
Clique no botão "BLAST" para iniciar a busca.
Visualize e interprete os resultados, como alinhamentos, pontuações, valores eletrônicos, identidades, lacunas, etc.
Como usar ferramentas de anotação para prever genes e funções em genomas bacterianos
As ferramentas de anotação são ferramentas que permitem aos usuários prever genes e funções em sequências genômicas. Você pode usá-los para anotar genomas bacterianos e atribuir papéis biológicos a regiões genômicas. Você também pode usá-los para descobrir novos genes, funções ou caminhos em genomas bacterianos.
Para usar ferramentas de anotação para prever genes e funções em genomas bacterianos:
Selecione uma ferramenta de anotação que atenda às suas necessidades e preferências. Alguns exemplos de ferramentas de anotação são Prokka [10], RAST [9], PGAP [8] e BASys [7].
Carregue seu arquivo de sequência do genoma bacteriano ou insira seu número de acesso.
Selecione suas opções e parâmetros conforme necessário.
Execute a ferramenta de anotação e aguarde os resultados.
Visualize e interprete os resultados, como coordenadas de genes, nomes, funções, caminhos, etc.
Como usar ferramentas de análise para visualizar e explorar genomas bacterianos
As ferramentas de análise são ferramentas que permitem aos usuários visualizar e explorar dados genômicos. Você pode usá-los para criar representações gráficas de genomas bacterianos e examinar suas características, estruturas, variações, etc. Você também pode usá-los para comparar vários genomas bacterianos e identificar semelhanças e diferenças.
Para usar ferramentas de análise para visualizar e explorar genomas bacterianos:
Selecione uma ferramenta de análise que atenda às suas necessidades e preferências. Alguns exemplos de ferramentas de análise são Artemis [6], Mauve [5], BRIG [4] e Circos [3].
Carregue seu arquivo de sequência do genoma bacteriano ou insira seu número de acesso.
Selecione suas opções e parâmetros conforme necessário.
Execute a ferramenta de análise e aguarde os resultados.
Visualize e interprete os resultados, como mapas, plotagens, diagramas, gráficos, etc.
Conclusão
Neste artigo, aprendemos como baixar dados do genoma bacteriano do NCBI usando diferentes métodos, como o banco de dados Genome, o site FTP e a ferramenta ncbi-genoma-download. Também aprendemos a analisar os dados do genoma bacteriano do NCBI usando diferentes ferramentas, como BLAST, ferramentas de anotação e ferramentas de análise. Esperamos que este artigo tenha ajudado você a entender os fundamentos da genômica bacteriana e como acessar e usar os ricos dados disponíveis no NCBI.
Se você quiser aprender mais sobre genômica bacteriana e NCBI, aqui estão algumas dicas e recursos para aprender mais:
Leia o NCBI Handbook [2] e o NCBI Help Manual [1] para obter mais informações sobre bancos de dados, ferramentas e serviços do NCBI.
Visite a página NCBI Education [0] para tutoriais, webinars, cursos e workshops sobre vários tópicos relacionados ao NCBI.
Assine o blog NCBI Insights [15] para notícias, atualizações, dicas e truques sobre os recursos do NCBI.
Gostaríamos muito de ouvir seus comentários e perguntas sobre este artigo. Sinta-se à vontade para deixar um comentário abaixo ou entre em contato conosco em info@ncbi.nlm.nih.gov. Obrigado por ler!
perguntas frequentes
Qual é a diferença entre os genomas bacterianos GenBank e RefSeq?
O GenBank é um banco de dados abrangente de sequências de nucleotídeos publicamente disponíveis de todas as fontes. RefSeq é um banco de dados com curadoria de sequências de referência de organismos selecionados. Os genomas bacterianos do GenBank são enviados por pesquisadores individuais ou centros de sequenciamento e podem ter qualidade e integridade variáveis. Os genomas bacterianos RefSeq são selecionados do GenBank e anotados pela equipe do NCBI usando padrões e pipelines consistentes.
Como posso baixar apenas a versão atual de cada montagem do genoma bacteriano?
Você pode usar a ferramenta ncbi-genome-download com a opção --latest para baixar apenas a versão atual de cada conjunto de genoma bacteriano.Por exemplo, para baixar todos os genomas bacterianos completos no formato fasta para um diretório chamado "bactérias", você pode digitar: ncbi-genoma-download --format fasta --conjunto de nível completo --latest --output-folder bacteria bacteria
Como posso baixar todos os genomas bacterianos completos de um projeto ou grupo específico?
Você pode usar a ferramenta ncbi-genoma-download com a opção --group para baixar todos os genomas bacterianos completos de um projeto ou grupo específico. Por exemplo, para baixar todos os genomas bacterianos completos do Human Microbiome Project (HMP), você pode digitar: ncbi-genoma-download --format fasta --conjunto de nível completo --group hmp --output-folder bacteria bacteria
Como posso converter o mascaramento de minúsculas em arquivos fasta genômicos em sequência não mascarada ou N-mascarada?
Você pode usar a ferramenta seqkit [16] com a opção replace -p "[actg]" -r "N" ou replace -p "[actg]" -r "" para converter o mascaramento de letras minúsculas em arquivos rápidos genômicos em sequência N-mascarada ou não mascarada. Por exemplo, para converter um arquivo chamado "bacteria.fasta" em uma sequência N-masked, você pode digitar: seqkit replace -p "[actg]" -r "N" -o bacteria_N.fasta bacteria.fasta
Como posso entrar em contato com o NCBI para obter suporte ou sugestões?
Você pode entrar em contato com o NCBI por e-mail em info@ncbi.nlm.nih.gov ou por telefone em 1-888-346-3656 (ligação gratuita nos EUA) ou 1-301-594-5983 (fora dos EUA). Você também pode usar o botão Feedback em qualquer página da web do NCBI ou preencher o formulário online em [17]( 0517a86e26
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